商品有机肥料生产处理工艺变化较大，易出现的问题较多，主要涉及发酵、干燥、成型等几个环节：
一、片面追求通气好氧发酵
好氧通气发酵能加快发酵进程，缩短堆肥时间。但该工艺最大的问题是在发酵过程中，恶臭气体随着通风气流排出，造成养分特别是N的较大损失，为了降低直接排放的危害，需增加设备及污染控制的投入。
改进措施：改变发酵材料结构，引入优良微生物菌群，使好氧发酵变为兼性发酵，达到减少通风次数或不通风的目的。
二、发酵菌与功能菌共同发酵
一些厂家为简化工艺，将发酵菌和功能菌共同发酵。每种微生物都有其适宜的温度范围。功能菌具有溶磷、释钾、固氮、促生、防病等功效，但它们大都难以在60度以上高温下正常繁殖生长，大部门微生物均会死亡或形成芽孢。
改进措施：先将原料发酵，在腐熟期或包装前加入功能菌，混匀即可。
三、盲从活菌数指标
有些从业人员，选择发酵剂时，只注重活菌数这个指标，片面认为这个指标越髙越好，而忽略了其他参数。事实上，微生物品种的选择、接种比例、接种条件受到很多因素的影响。一般单一微生物效果不良，即使其活菌数含量高达数十亿Cfu/g。反之，复合菌种尽管活菌数含量较低并可能有杂菌污染，但采用复合菌种的发酵效果较好。一般接种量在0.05％—1％。另外，实验室菌种，由于没有经过工业化过程，未在农业管理部门登记，故不能选用。
四、依赖机械耗能干燥
有机肥料在发酵过程中，必须保持一定的含水率，但发酵结束时，含水率仍然较高，而有机肥商品标准要求水分含量低于30%。故一些企业通过干燥设备，进行强制高温快速干燥，以解决含水量偏高的问题。然而烘干将带来严重的空气污染、养分损失和肥效严重下降、能耗高、设备投资大等问题。
改进措施：干燥过程可通过发酵产生的热干燥、日光干燥、风干等手段结合，充分通过利用生物能、日光能和风能，达到大幅度降低水分含量的目的。尽量减少或不用机械耗能干燥。亦可在不同季节釆用不同组合方式进行干燥处理。此外，选择适当的配料进行发酵；根据季节调节发酵的起始含水量；使发酵达到一定高温，即可有效降低或避免机械耗能干燥。
五、不当的造粒成型
生产商品有机肥料造粒，可以减少运输体积，方便施肥要求。但有机肥料成型也有较大弊端：有机肥料本身就是缓效、长效的肥料，若再造粒成型，则易出现肥效差的情况。
改进措施：将生物菌和发酵有机肥料分袋包装，临用前混合，有利于保持生物菌的活性。
