有机肥原料一般来源于畜牧业和农业固体废弃物。适合制作有机肥的原料很多，要选择合适的原料，首先要了解各种原料的基本性质，特别是一些适合于产业化、商品化生产的特性。例如，原料的来源是否广泛、稳定，原料的各项养分指标是否满足制作有机肥的要求，原料是否能够快速腐熟等。
按使用量划分，原材料可以分为主料和辅料两种类型。
主料就是有机肥生产的主要原料，通常这类原料占物料的比例为60%?80%。主料由一种或几种原料组成，常见的有畜禽粪便、沼渣等。
辅料主要是用来调节物料水分、C/N、pH、 通透性的一些原料，由一种或几种原料组成。通常这类原料占整个物料的比例不超过40%，单一物料比例不超过20%。常见的有作物秸秆、蘑菇渣、粉煤灰、生石灰、凹凸棒粉、过磷酸钙或磷矿粉等。
按原料性质划分，原材料可以分为碳原料、氮原料、调理剂原料等类型。
碳原料是指那些有机碳含量高的原料，如农作物秸秆、粉煤灰等。这类原料可以 作为有机肥的主要辅料，用来调节水分、C/N和增强物质的透气性。
氮原料通常是指那些C/N值在30以下的原料，这类原料是有机肥的主料，如畜禽粪便、沼渣等。也有工厂把尿素作为用来调节C/N的高氮原料，但这不是主料。
调理剂原料主要是指加入堆肥中用来调节原料混合物的性质的物料，如pH、水分、C/N等。例如，堆肥中加入少量石灰和草木灰，中和有机物腐解中产生的有机酸以调节酸度；加入一些粉碎的黏土、草炭、锯末等吸附性强的物质，用于吸附腐解过程中释放的氨，以保全养分，提高有机肥质量。加入一些锯末、秸秆粉等调理剂，用于平衡堆肥原料中含水率和增加物料中的有机质数量，可以防止物料中含水量过高等。
