有机肥发酵的整个工艺流程可以简单分为前处理、一次发酵、后处理三个过程。
前处理：堆肥原料运到堆场后，经磅秤称量后，送到混合搅拌装置，不能厂内生产、生活有机废水混合，必须用清水。然后加入有机生物发酵复合菌（每吨原料加1-2kg），并按原料成分（鸡粪：木薯渣或菇渣：秸秆=6：2：2）粗调堆有机肥料水分60%-65%、碳氮比为20-30，混合后进入下一工序。配料时须加入有机肥发酵生物菌充分搅匀，然后将稀释液均匀泼洒在原材料上，并用搅拌机充分翻搅均匀。
注意：堆肥原料应提前几个小时处理，用水浸透，用于稀释生物发酵菌的水应视不带消毒剂（如漂白粉等）的饮用水。
一次发酵：将混合好后的原料用装载机送入一次发酵车间，堆成发酵堆，同时2天左右进行翻堆，并补充水分和养分，控制发酵温度在50℃～65℃（用手摸烫手），进行有氧发酵，本工程一次发酵周期为8天，每天进一池原料出一池半成品，发酵好的半成品出料后，准备进入下一工序。
后处理：进一步对堆肥成品进行筛分，筛下物根据水分含量高低分别进行处理。筛下物造粒后，送入烘干机，进行烘干，按比例添加各种添加物后搅拌混合后制成成品，进行分装，入库待售。筛上物返回粉碎工序进行回用。
综上所述，整个工艺流程具体包括新鲜作物秸杆物理脱水→干原料破碎→分筛→混合(菌种 鲜畜禽粪便 粉碎的农作物秸杆按比例混合)→堆腐发酵→温度变化观测→鼓风、翻堆→水分控制→分筛→成品→包装→入库。
