目前，我国还未出台专门针对有机肥厂房的结构设计标准，在设计中，应满足一般厂房结构设计标准的基础上，兼顾有机肥厂房的特点进行确定。
（1）堆肥堆积的压力
由于堆肥的堆积，作用于堆肥设施护墙产生的压力，可利用土木工程学领域确立的护墙设计方法进行计算确定。
堆肥化设施的发酵槽，一般采用高度1.5～2.2m的钢筋混凝土或混凝土块建造护墙。设计护墙的强度时，首先要考虑由于堆肥堆积所带来的压力。
堆肥与一般的无机质土壤相比，有高水分、轻质、高压缩性、低强度的特性，具有与土木工程学领域采用的有机质腐殖土类似的物理性质。据此分析，可采用土质工程学领域确立的护墙设计方法。
（2）作业机械的压力
采用翻堆机进行翻堆作业的堆肥化设施，需考虑翻堆作业作用于发酵槽墙面的压力来设计发酵槽墙壁的强度。
采用链板式翻堆设备时，槽间净空应满足翻堆机运行要求，防止翻堆过程中翻堆机与槽壁抹茶形成侧向压力。翻堆过程中翻堆设备对槽壁产生的影响主要来自翻堆设备自重和翻堆时的机械振动。
发酵槽的结构设计应同时满足堆肥堆积压力和作业机械压力的双重要求。
