2006年以后，生物技术类的专业人才才开始多起来（植保、环境等相关专业对发酵这一块不深入或不涉及），但从事固体发酵这一块的却很少，目前很多所从事有机肥的老板和生产技术人员大多是从化肥行业转过来的，缺乏生物方面或（和）种植方面的系统专业知识。由于没有相关专业的技术人员，企业在生产过程中力不从心，生产过程大多是企业间相互参照做法或受卖菌种、卖设备的不良引导，结果都是难以做出好肥。
有机肥的使用出现效果不佳的原因很多，在此分两大类（不包括病害这一类），第一类是企业生产控制方面的原因，第二类是使用方面原因，我们主要结合参考无土栽培技术来论述．
第一类：企业生产控制方面的原因里面涉及到质量控制，在这里重点讨论养分、pH、氯离子含量、含盐量、阳离子交换量、腐植酸、小分子脂肪酸、重金属、有害微生物等因素，这些内容有很多并不出现在有机肥料行业标准里面，但却不得不注意。
1. 养分。由于原材料本身养分低或发酵生产工艺原因，有些企业的有机肥发酵出来，其养分并不合格，加上有些厂连化验室都没有，一批产品就这样迈向了市场。有些企业检测发现养分不够，但也舍不得添加化肥补充，也使这些产品迈上了市场。无肥料登记证的企业所生产出来的产品，并不在市场上流通，一般是直接面向用户，这一块特别难以监管。
2. pH。原材料本身pH就各有不同，在发酵过程中，pH变化也较大，如果发酵过程控制不好，有可能发酵出来会发现pH在8.5以上，或5.5以下。特别是过酸的产品会导致农作物生长受阻或死亡，而过碱的有机肥料，由于南方土壤普遍偏酸，危害反而不大。
3. 氯离子含量。一般没有人会去检测氯离子含量，但有些原料却含有不少的氯离子，特别是在严重忌氯的作物上使用时，会出现严重问题。也有些厂家使用氯化铵这一类含氯化肥加入到有机肥中，以提高总养分中的氮，这也是导致氯离子含量增高，影响农作物的生长。
4. 含盐量。肥料盐份高，就好像把一包食盐洒到有限的地里，作物很受影响。一般来说，生活污泥、厨余垃圾等原料的盐份较高，不耐盐的作物会出现黄叶、掉叶、萎蔫、死亡等现象。聂永丰认为，当堆肥EC值小于9.0ms/cm3时，对种子发芽没有抑制作用。
5. 阳离子交换量。一般腐熟的有机肥，其阳离子交换量大，保肥肥力[2]，缓冲能力强，对pH、盐份有很好的缓冲作用，对于维持土壤的良好状况有着很重要的作用。而没有腐熟的有机肥甚至是晒干就卖的粪便，其阳离子交换量极低，起不到应有的缓冲效果，相反，还会危害土壤本身的缓冲效果，造成作物生长障碍。
6. 腐植酸。新鲜原料几乎不含有腐植酸，腐植酸是在有机肥发酵生产过程中不断产生的，以高温发酵（大于50℃）尤为明显。腐植酸与铵、钾、钠结合，具有刺激作物生长的功能，也具有易吸引的效果，也可提高作物抗逆性，促产，促萌发，腐植酸更可因为其交换能力而增强土壤缓冲能力。
7. 小分子脂肪酸。Ciavatta，等认为认为低级脂肪酸对种子发芽和植物生长有不良影响。小分子脂肪酸易招引苍蝇，这比较容易观察出来，一般来说，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鲜鸡粪等。其所带来的危害是：小分子脂肪酸会抑制种子萌发，会抑制根系生长。
8. 重金属。重金属会在植物中积累，最终通过食物链集中到人身上，对人造成伤害。同时重金属也会对农作物的生长造成损害。由于设备昂贵，大部分企业是没有设备对重金属进行检测的，农资市场到现在才多见执法部门对重金属进行检测。
9. 有害微生物。堆肥温度在50℃以上的时间不少于5天，可以杀死病原菌及虫卵，达到无害化。但实际上很多厂家有机肥生产过程中，由于工艺水平原因，未能达50℃以上或达到了却时间维持过短，大部分蛔虫卵、大肠菌群等未能大部分杀灭，这就影响了作物健康生长。
第二类：有机肥使用效果不佳，与肥料销售员的推广误导有关，也与用户自身知识和习惯使用有关。优质的土壤要能为植物生长提供稳定、协调的水、肥、气、热根际环境条件，具有支持锚定植物、保持水分和透气的作用，还具有缓冲作用，使根际环境保持相对稳定。优良的土壤在物理性质上，固、液、气三相比例恰当，容重、总孔隙度、大小孔隙比都要较为适宜；化学性质上，阳离子交换量大，基质保肥性好，pH值接近中性， 并具有一定的缓冲能力， 具一定的C/N比以维持栽培过程中基质的生物稳定性。我们所生产出来的有机肥正是要向着这个目标去改良土壤。
第二类原因可以简单归为一句：使用方法不对。这里简单介绍几个不对的使用方法。
1. 追肥。用户把有机肥当化肥来追肥，没能及时盖土，肥料只在土壤表面，不能与土壤充分进行接触，不能起到改良土壤的效果，加上日晒雨淋，有益的微生物不能起作用，养分也会随水流失，有机肥的缓冲能力、蔬松土壤、持水透气、保温保肥等等的功能也都体现不出来。
有机肥应当作为基肥使用，最好与土壤进行混合，但起码也要做到不裸露在土壤表面，如沟施，但目前不少地方存在着企业或（和）业务员联合误导农民，目的是为提高农民对肥料的使用量。
2. 有机肥与作物直接接触。有些种植户担心肥效不够，或想尽快见效，把种子直接种在了有机肥料上面，或把有机肥与作物直接接触，这样的后果是种子出苗后会烂根死亡，作物萎蔫甚至死亡。
3. 新鲜粪便直接使用。施用新鲜粪便就好像厂家卖用户未腐熟有机肥一样，但出的问题更加严重。
结语：总之，我们呼吁肥料生产单位要加强自身素养，做出优于国家标准的肥料，主动完善各方面实际上的不足，而不是产品满足国家标准即可。同时，经销商、厂家要合理引导种植户向正确方面迈进，而不是通过引导种植户走向误区来促进肥料的销售。
