中国微生物肥料行业经过几十年的发展已经取得了一定的成绩，形成了一定的规模，为中国农业生产、农业的可持续发展以及环境保护等做出了重要的贡献。但是，目前中国微生物肥料行业仍旧存在着整体水平不高、技术创新不足、产品质量和效果不稳定、市场管理混乱等问题。
1，基础研究落后于生产实践
微生物肥料应用于生产中已经有几十年的时间了，但是还存在许多不明确、未解决的问题。目前很多研究仅仅集中在某一类功能菌的菌株分离和大田试验方面，对于自然界中广泛存在的其他菌株缺乏基础研究，例如，对于根瘤菌的固氮作用研究较多，有些方面已达到分子水平，但是对于自生固氮菌、解磷、硅酸盐类细菌及其他促生菌等还缺乏深入研究。另外，对于微生物肥料中功能微生物本身的特性、作用机制、功能基因、在土壤与根际的定殖机理和存活繁殖动态等也缺乏深入研究。
菌种效能不稳定且单一。
2，微生物肥料的核心就是菌株。目前微生物肥料使用菌种比较单一且细菌肥较多，而细菌具有较强的自发突变性，在菌株繁殖传代过程中往往造成菌株特性的减弱甚至消失，加之位于质粒上的基因不稳定使得很多优良基因容易丢失，所以很多的细菌肥料在研发和试验的时候具有较好效果，但是在推广使用过程中往往产生效果降低的现象。在工厂化生产中，普遍缺乏菌株，菌种资源匮乏，很多产品中经常是使用相同的菌株。并且其中活菌数量少，杂菌较多、有效期短。另外，有些未经鉴定的有害菌株流入生产环节，带来安全隐患。
3 监督管理体制不够完善
近几年随着微生物肥料的不断发展，生产微生物肥料的企业越来越多，但多数是小规模企业，作坊式生产，设备工艺落后，产品质量不高或者不稳定。国家虽然已经实行了登记管理制度，但是管理力度不够，不少产品未经登记和检验就进行生产和销售。由于缺乏监管和质量检验，市面上流通着许多假冒伪劣产品冒充微生物肥料，给农业生产造成损失，影响恶劣。另外，由于缺乏对微生物肥料的正确宣传和引导，其效果和好处还没有被广大农民认可，微生物肥料在全国肥料中所占比重偏小。
