使用微生物肥料旨在改善土壤营养状况，增加植物营养元素供应，产生植物激素促进植物生长和减轻植物病害等。概括起来主要有5个方面的作用：
（1）增加土壤肥力。肥料中的固氮菌可以增加土壤中的氮元素的含量，硅酸盐类微生物可以将土壤中难溶态的磷、钾降解成可被农作物吸收利用的状态，从而改善作物生产时土壤环境中营养元素的供应状况，同时增加土壤有机质含量，提高土壤肥力。
（2）产生植物激素促进植物生产。许多微生物能够产生植物激素，如生长素、吲哚乙酸、赤霉素等，可以刺激和调节作物的生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。
（3）对有害微生物的生物防治。一方面微生物肥料中含有某一类拮抗菌，可以抑制病原菌的生长；另一方面，接种的微生物在根际大量生长繁殖，作为优势菌限制其他病原微生物的繁殖机会，从而起到减轻植物病害的作用。
（4）协助植物吸收营养。VA菌根是一种土壤真菌，可以与多种植物根共生，其菌丝能够伸出根部很远，可以吸收更多的营养供给植物吸收利用，其中对磷的吸收最为明显，另外，对锌、铜、钙等也有加强吸收的作用。
（5）减少化肥施用量，降低成本。使用微生物肥料能够适量减少化肥的用量，另外生物无肥料所消耗的能源要少，成本更低，有利于生态环境保护。
