有机肥的优点是含营养元素种类多，包括大量、微量各种营养元素，并含有大量的有机物、维生素等活性物质。
常年施用有机肥能使土让有机质得到更新或提高，改善土壤理化性状，明显提高土壤质量。但其确定是养分含量低，而且养分形态主要呈有机态，需要经过土壤微生物逐步分解，才能转化成植物可以吸收利用的形态，因此养分供应强度低，难以满足高产作物快速生长期的需要。
在使用上，要考虑到有机肥种类多、特点不一的特性，不仅相互搭配换药与适量化肥搭配施用。以畜禽养殖业锁产生的废弃物来说，这类有机肥的数量很大，随着畜禽产品生产的快速发展而增长极快，如果不花大力气对畜禽粪便进行科学处理和使用，不仅会造成蔬菜、果树以及烟叶、茶叶、马铃薯等众多经济作为市区大批量价廉物美的肥料资源，换回降低这类农产品产量和品质，进而会造成农区环境恶化，不利于新农村建设。所以，首当其冲地要在经济类作物生产中，充分开发和合理使用粪尿类有机飞远。由于分鸟类有姐夫的主要特点是养分含量高于其他有机肥，但是其碳氮比分为比较窄，一般在6～10之间，为此，要添加部分粉碎的秸秆组成混合有机肥使用。这样既可实现农村环境的清洁化又可保证果蔬类农产品的质量和安全性。施用粪尿类有机肥可以部分地替代化学肥料对作物的氮磷养分供给，从而减少化肥的施用量，提高化肥利用率。
除了经济作物外，换药纠正一种倾向，那就是粮食作物大田生产只靠化肥而不施有机肥，长此下去不仅粮食生产难以持续稳定增长，还会使农业面源污染日趋加重。在向广大农田推荐有机肥施用时，首先要注意有机肥的种类、来源和成分，大田有机肥更要着重以秸秆还田为主，适当配合化学氮肥，调节其碳氮比例，促进有机物分解和土壤微生物群落的活跃与优化。如果大田要大量施用分鸟类有机肥，不仅肥源难以保证，而且分鸟类有机肥对大田土壤有机质的提高和培肥的作用不大，主要作用是促进有机质的循环与更新，因此，粪尿类有机肥应主要用在经济作物生产中，尤其是新菜地、新果园等。
