有机肥是农业生态系统中物质循环的重要环节， 农作物通过光合作用将太阳能转化为生物化学能，形成农作物的有机体，除人、畜能直接利用的一小部分外，其余大部分又以秸秆和人、畜粪便形式回到物质大循环系统中，进而转化为新作物有机体。有机肥通过这种周而复始的循环转化，对增加作物营养和提高土壤肥力发挥了不可替代的重要作用。
在 2002 年国家出台了有机肥料的标准，标准适用于以畜禽粪便、动植物残体等富含有机质的副产品资源为主要原料，经发酵腐熟后支撑的有机肥料。此标准不适合绿肥、农家肥和其他农民自己制造的有机粪肥。因此，可以将广泛的有机肥概念分成农家肥和商品有机肥。 而我们在下文中重点讨论的是商品有机肥。我国使用农家肥已经是传统，但是农家肥在使用过程中存在较大的问题。其中最大的问题就是积制方式的落后，具体说来就是养分含量较低，体积大；劳动率低，劳动强度大；人畜粪等的无害化程度低，病菌传播、污染大，就是大家通常所说的“三低三大”问题。
中国从上世纪 30 年代开始进行商品有机肥的研究， 1988 年受到国家国务院的重视， 1991 年开始工业化生产，商品有机肥才出现在市场上。发酵方式由最初的高温发酵逐渐向微生物发酵转变。
传统的农业在使用大量化肥之后，会造成土壤肥力下降，农产品品质退化。近年来，世界多个国家和政府开始倡导减少化肥的使用，多使用绿色肥料，兴起了肥料的“绿色革命” 和“生态产业”。
