随着我国循环农业研究的拓展和深入，作为循环农业的一个重要环节，畜禽粪便的资源化处理和利用研究也得到了充分的重视，并去得了相当大的进展。有些技术已在生产上广为应用，无论在经济上还是在生态上，皆去得了良好的效益。但是，就目前的畜禽粪便的处理和利用现状而言，还远未达到令人满意的程度，并且部分地区由于畜禽养殖业规模及发展模式的变化，畜禽粪便的面源污染呈现加剧的趋势。
第一，畜禽养殖业集约化的程度越来越高，专业化特征越来越明显，导致养殖业与种植业的日益分离，循环农业的链节中断。从事养殖的不种地，粪便不能当做肥料；种地的不再从事养殖，农田靠施化肥，畜禽粪便用作农田肥料的比重大幅度下降，畜禽粪便被乱堆乱排的现象越来越普通。
第二，畜禽养殖业从牧区、农区向城市、城镇周边大量转移，从人口稀少的偏远农村向人口稠密的城郊地区逐渐集中发展，而相应的粪便处理措施跟不上，畜禽粪便无害与资源化以及商品化处置率＜5%。
第三，畜禽养殖业经营方式日益趋向多样化，公司加农户的新型经营模式正在被越来越多的地方采纳，畜禽粪便污染在许多地区以“面源”的形式出现，污染呈现了“面上开花”的现象。
第四，畜禽粪便资源化处理中，缺乏实用的、具有一定回报率的处理技术。部分养殖场虽然都不同程度地利用各种技术对其进行减量化处理、资源化利用，但是由于内部管理粗放，对于一些处理设备的投入不足，导致粪便的再利用率低，致使大量营养物质流失。
第五，我国的循环农业还处于起步阶段，成熟的循环农业生产技术比较少，发展规模小，在农业中的比较较小，未形成发展循环农业经济的良好氛围。对循环经济的发展未形成整体规划及整体效应，对资源掠夺式利用和污染环境的现象还不能得到有效遏制，尤其是在废弃物的处理和利用上效率很低。
