从全国来看，生态有机肥的生产原料主要是畜禽粪便，其次是生活垃圾、生活污泥、农产品下脚料、以及农作物秸秆为主要生产原料的化工产品下脚料等。这些原料都能产生令人不适的气味，有的会产生恶臭， 甚至影响人们的正常生活。
1,臭源物质的的化学成分
一般认为，生态有机肥料生产原料中产生臭味的化半物质主要是含硫化合物、氨气、胺类、脂肪酸、酮、醛、酚以及其他芳香族化合物和杂环化合物。
2，除臭方法
目前国内外比较前沿的除臭方法有水洗法、药业处理法、载体吸附法.燃烧法、生物除典法等。其中，生物除臭法主要是利用特殊功能微生物群体对臭气进行分解和转化，生成无臭物质以达到除臭的目的。该法具有材料易得，设施简单、成本低廉、无污染、效果好、可持续等优点，比较适宜于养殖场、屠宰场、垃圾处理厂、污水处理厂、生态有机肥厂应用。
3，发酵、加工区域的除臭
发酵、加工车间的有机物料有时需要剧烈翻动，会使臭气四处弥漫。实际上，有机肥生产企业的臭味主要是来自家禽粪便等有机物料随空气来回飘散引起的，有时随访飘散方圆2公里仍能闻到，发酵、加工区域的除臭问题就显得至关重要。利用生物除臭技术可以从以下几个方面解决臭味扰民问题。
①，使用生物发酵除臭菌种
在畜禽粪便等有机物料翻堆、发酵、腐熟过程中，生物发酵除臭菌种能全程分解和转化臭味物质。使用此类产品，一般在48小时左右可以消除恶臭。长期使用生物发酵除臭菌种，有机肥生产企业的臭味明显减轻或者消失。
生物发酵除臭菌种大部分为中温型微生物，少量为中高温微生物，一旦超过60℃，所有除臭微生物将失去活性，剩下的高温微生物几乎没有除臭效果，但此时，一些活性酶也对臭味物质起到作用。所以，利用生物发酵除臭菌种进行畜禽粪便的发酵，往往温度不太高。
②，密封发酵、加工车间和安装除臭装置
密封发酵、加工车间可以阻止臭气溢出。在发酵、加工车间的一侧安装多个进气扇，让外界新鲜空气进入车间内，而在发酵、加工车间的另一侧安装多个排气扇，每个排气扇连通一个排气管道，将车间排出的气体经管道通入固体或者液体生物滤池中。由于固体或者液体生物滤池中提前挤入了活性生物除臭菌种。车间内的臭气得以控制。比如，有一家生物肥料生产企业，将有机肥料厂的臭味经排气管道通入鱼、虾塘内，而鱼虾塘内加入了有益的活性除臭菌种，不但解决了臭味问题，还给鱼虾提供了营养物质，鱼虾塘不用施肥，照样水草青青，鱼虾满塘。
③，密封运输或者远离居民区生产
有机肥料生产企业，一般被认为是污染企业。所以，决策者在建厂之前，一定要多方考量，尽量建在远离居民区或工业区内。比如，贵州一家有机肥生产企业，就建在山林里，充分利用山林中大型的养牛场生产有机肥料，多年来生意兴隆，相安无事。
