粪污全量还田模式
养殖场产生的粪便、尿和污水集中收集，全部进入氧化塘贮存，氧化塘分为敞开式和覆膜式两类，粪污通过氧化塘贮存进行无害化处理，在施肥季节进行农田利用。
主要优点：粪污收集、处理、贮存设施建设成本低，处理利用费用也较低；粪便和污水全量收集，养分利用率高。
主要不足：粪污贮存周期一般要达到半年以上，需要足够的土地建设氧化塘贮存设施；施肥期较集中，需配套专业化的搅拌设备、施肥机械、农田施用管网等；粪污长距离运输费用高，只能在一定范围内施用。
适用范围：适用于猪场水泡粪工艺或奶牛场的自动刮粪回冲工艺，粪污的总固体含量小于15%；需要与粪污养分量相配套的农田。
粪便好氧堆肥模式
以生猪、肉牛、蛋鸡、肉鸡和羊规模养殖场的固体粪便为主，经好氧堆肥无害化处理后，就地农田利用或生产有机肥。
主要优点好氧发酵温度高，粪便无害化处理较彻底，发酵周期短；堆肥处理提高粪便的附加值。
主要不足好氧堆肥过程易产生大量的臭气。
适用范围适用于只有固体粪便、无污水产生的规模化肉鸡、蛋鸡或羊场等。
粪污厌氧处理模式
以专业生产可再生能源为主要目的，依托专门的畜禽粪污处理企业，收集周边养殖场粪便和污水，投资建设大型沼气工程，进行高浓度厌氧发酵，沼气发电上网或提纯生物天然气，沼渣生产有机肥农田利用，沼液农田利用或深度处理达标排放。
主要优点：对养殖场的粪便和污水集中统一处理，减少小规模养殖场粪污处理设施的投资；专业化运行，能源化利用效率高。
主要不足：一次性投资高；能源产品利用难度大；沼液产生量大、集中，处理成本较高，需配套后续处理利用工艺。
适用范围：适用于大型规模养殖场或养殖密集区，具备沼气发电上网或生物天然气进入管网条件，需要地方政府配套政策予以保障。
粪水肥料利用模式
养殖场产生的污水厌氧发酵或氧化塘处理储存后，在农田施肥和灌溉期间，将无害化处理的污水与灌溉用水按照一定的比例混合，进行水肥一体化施用，固体粪便进行堆肥发酵就近肥料化利用或委托他人进行集中处理。
主要优点：污水进行厌氧发酵或氧化塘无害化处理后，为农田提供有机肥水资源，解决污水处理压力。
主要不足：要有一定容积的贮存设施，周边配套一定的农田面积；需配套建设粪水输送管网或购置粪水运输车辆。
适用范围:适用于周围配套有一定面积农田的规模猪场或奶牛场，在南方宜使用厌氧发酵生产沼气等无害化处理，在北方宜直接使用氧化塘贮存，在农田作物灌溉施肥期间进行水肥一体化施用。
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清洁回用
栽培基质利用模式
以畜禽粪污、菌渣及农作物秸秆等为原料，进行堆肥发酵，生产基质盘和基质土应用于种植业。
主要优点：畜禽粪污、食用菌废弃菌渣和农作物秸秆三者结合，科学循环利用，实现农业生产链零废弃、零污染的生态循环生产，形成一个有机循环农业综合经济体系，提高资源综合利用率。
主要不足：生产链较长，精细化技术程度高，要求生产者的整体素质高，培训期实习期较长。
适用范围：该模式既适用大中型生态农业企业，又适合小型农村家庭生态农场，同时适合小型农村家庭农场分工、联合经营。
粪便垫料利用模式
基于奶牛粪便纤维素含量高、质地松软的特点，将奶牛粪污固液分离后，固体粪便进行好氧发酵无害化处理后回用作为牛床垫料，污水贮存后作为肥料进行农田利用。
主要优点：牛粪替代沙子和土作为垫料，减少粪污后续处理难度。
主要不足：作为垫料如无害化处理不彻底，可能存在一定的生物安全风险。
适用范围：适用于规模奶牛场。
动物蛋白转化模式
畜禽养殖过程中的干清粪与蚯蚓、蝇蛆及黑水虻等动物蛋白进行堆肥发酵，生产有机肥用于农业种植，发酵后的蚯蚓、蝇蛆及黑水虻等动物蛋白用于制作饲料等。
主要优点：改变了传统利用微生物进行粪便处理的理念，可以实现集约化管理，成本低、资源化效率高，无二次排放及污染，实现生态养殖。
主要不足：动物蛋白饲养温度、湿度、养殖环境的透气性要求高，要防止鸟类等天敌的偷食。
适用范围适用于远离城镇，养殖场有闲置地，周边有农田，农副产品较丰富的中、大规模养殖场。
生物质燃料利用模式
生物质燃料利用模式畜禽粪便经过搅拌后脱水加工，进行挤压造粒，生产生物质燃料棒。
主要优点：畜禽粪便制成生物质环保燃料，作为替代燃煤生产用燃料，成本比燃煤价格低，减少二氧化碳和二氧化硫排放量。
主要不足：粪便脱水干燥能耗较高。
适用范围：适用于城市和工业燃煤需求量较大的地区。
达标排放
污水达标排放模式
养殖场产生的污水进行厌氧发酵+好氧处理等组合工艺进行深度处理，污水达到《畜禽养殖业污染物排放标准》（GB18596-2001，其中COD低于400毫克/升，NH3-N低于80毫克/升，TP低于8毫克/升）或地方标准后直接排放，固体粪便进行堆肥发酵就近肥料化利用或委托他人进行集中处理。
主要优点：污水深度处理后，实现达标排放；不需要建设大型污水贮存池，可减少粪污贮存设施的用地。
主要不足：污水处理成本高，大多养殖场难以承受。
适用范围：适用于养殖场周围没有配套农田的规模化猪场或奶牛场
