(1)废弃物的收集、转运比较麻烦，不易进行机械化处理，建议利用中转堆放场进行收集存放，在降低人工作业强度的同时，降低粪污含水率，有条件的可以采用集装箱存放，以便二次运输。
(2)在进行塔式发酵堆肥时，需要慎重选择机械设备，尽可能在保证堆肥效率的同时，降低运行能耗，以体现机械化生产的优势。
(3)在堆肥前期往往排出大量臭气，对于这些废气一般要收集起来通入除臭堆中进行，或者采用膜发酵技术，加入微生物后堆肥，覆膜发酵。对于造粒机、干燥机等产生的含尘尾气，可利用旋风除尘器、箱式除尘器、重力沉降室等进行处理，将其中的绝大多数粉尘除掉，回收的粉尘可送回进行重新造粒。除尘后的尾气送入洗涤塔内用循环洗涤液进行反复淋洗，符合规定的空气排放标准后才能排放。喷淋用的洗涤液进入沉降池中，其中部分用于自身循环，部分用于造粒环节，沉降内要定期补充清水以维持正常循环。
