有机肥生产的发酵环节主要是提供有利于废弃物发酵的菌种、辅料及温湿度环境等，促使畜禽废弃物快速发酵，然后再通过一定的造粒手段进行处理，最终得到富含氮磷钾等植物营养元素的有机成品。目前比较常用的有机肥发酵技术包括堆式发酵和反应器发酵两大类，其中，堆式发酵属于比较传统的发酵技术，其基本过程如下：首先对畜禽废弃物进行脱水、除杂等预处理，然后加入特定的微生物发酵菌种和辅料调理剂，再置于搅拌机中，待物料充分搅匀后再运至合适的地方堆置发酵，根据具体工艺情况的不同，有时需要定期翻推，以确保空气流通，保证氧气供应，并及时将发酵产生的过量潮气排出。根据堆肥方法的不同，堆式发酵可分为条垛堆肥、通气堆肥、槽式堆肥等，不同的堆肥方法在占地面积、发酵时间、产量等方面各有不同。
（１）条垛堆肥，需在 ２０ ℃ 环境下腐熟１５～２０ｄ ，期间适时进行一两次翻堆，再静置２～３个月，便可彻底腐熟。条垛堆肥的优点在于操作技术简单，可随意调节堆垛长度，且无需投入昂贵设备，但缺点是腐熟过程耗时较长，且 堆 高 较 低，一 般 不 超 过１.２ｍ ，需占用大量场地。
（２ ）通气堆肥，即利用风机、多孔管道等对堆肥内部进行通风供氧，这样能够大大缩减发酵腐熟的时间，一般４周左右即可，并且可以将堆肥高度提高到２ｍ 左右，从而减小场地占用，但缺点是打造通风系统需要一定的成本投入，并且需要增设除臭系统以满足相关环保要求。
（３ ）槽式堆肥，即将堆料放到长槽式装置中发酵，令搅拌机沿着槽的纵轴方向来回移动搅拌，这个过程也能起到供氧作用。采用槽式堆肥时，一般控制料深在１.２～１． ５ｍ 之间， ３～５周后即可发酵完全，但其设备投入及运行成本比条垛堆肥和通气堆肥要高一些，且搅拌结构易被粪便腐蚀和磨损，要定期给予维护或换新。与堆式发酵相比，反应器发酵是更为先进的发酵工艺，具体分为塔式、水平式、斜式转筒几种不同类型，对国内而言，目前应用最为成熟的是塔式发酵技术，其处理过程如下：首先对畜禽粪便进行预处理，然后加入菌种、辅料，于搅拌机内搅匀，再用皮带运输机运至发酵塔顶层，之后每天翻塔一次，只需７ｄ即可发酵完成。不难发现，与传统的堆式发酵工艺相比，塔式发酵的占地面积小、发酵速度快、处理能力强，能够更好地满足畜禽养殖废弃物处理的需要。
