因秸秆焚烧、禽畜粪便排放污染等导致生态环境污染日益严重，加上化肥过量施用导致土壤板结、盐渍化，为了缓解土壤渍化，进一步保护生态环境，政府提出利用禽畜粪便、以秸秆为辅料等废弃物制成有机肥料，来逐步代替化肥。
所以，国家有关部门出台关于生产有机肥和开办有机肥加工厂的补贴优惠政策，以助力推广有机肥产业发展。
办有机肥厂国家补贴政策内容如下：
一、对纳税人生产销售和批发、零售有机肥料、有机—无机复混肥料和生物有机肥免征增值税。对农作物秸秆、林业三剩物综合利用产品，实行一定比例的增值税退税政策。
二、对企业新购入500万元以下设备、器具的支出允许在当年一次性税前扣除。
三、将享受减半征收企业所得税优惠政策的小微企业年应纳税所得额上限，从50万元提高至100万元。
四、取消企业委托境外研发费用不得加计扣除限制。
五、将高新技术企业和科技型中小企业亏损结转年限由5年延长到10年。
六、将一般企业的职工教育经费税前扣除限额与高新技术企业的限额统一，从2.5%提高至8%。
享有政策，要求如下：
一、补贴对象
使用畜禽粪便、农作物秸秆、食用菌废弃培养料等为主要生产原料，生产的商品有机肥、有机无机复混肥的且产品主要用于本地农产品生产基地肥料生产企业。
二、补贴原则
1、扶大扶强、扶优扶好的原则；
2、重点扶持科技含量高、研发能力强、装备水平先进及设备更新改造企业规模扩大，实行标准化生产、具有商标品牌的肥料生产企业。补贴资金主要用于设备更新改造。
三、企业申报条件
1、具有独立的法人资格，合法经营的肥料生产企业。
2、以畜禽粪便及农作物秸秆、食用菌废弃物为主要生产原料，生产的商品有机肥、有机无机复混肥必须符合国家或部颁标准。
3、具有正规的肥料产品登记证，产品经质检部门抽查合格。
4、有机肥年生产规模达10000吨以上。
5、每年经市农业部们组织的肥料产品正规小区试验，肥效显著生产企业。
6、本地使用量较大的肥料生产企业。
四、申报办法及程序
1、市区农业主管部门加强补贴企业的有机肥质量监督，要定期不定期组织肥料监管部门对本市有机肥生产的有机肥产品进行抽检，发现生产、销售有机肥的有机质、氮、磷、钾等含量不达标的一律不享受补贴标准，同时要追究其法律责任，防止出现假冒伪劣肥料坑农害农行为。
2、市农业局根据以上条件，组织筛选有机肥生产企业进行正规试验。肥效试验原则上根据有机肥生产企业发展和肥料开发情况，每2-3年开展一次。
3、市农业局根据肥效试验情况和质量抽检情况，与市财政局商定初选补贴企业名录。
4、凡符合申报条件的生产企业向所在区农业主管部门及财政部门申报，区农业主管及区财政部门审核后以文件的形式于6月底前分别向市农业局和市财政局申报，市属生产企业直接向市农业局、市财政局申报。申报材料一式四份，包括企业基本情况、企业法人营业执照、肥料产品登记证、企业编制项目实施方案及年度生产规模及销售情况说明等。
五、考核验收
1、经审核确认的有机肥生产补贴企业在销售有机肥时，必须建立台帐，记录生产量、销售量、销售地点、销售对象（附签名）。
2、市农业局根据各区上报情况，将会同市财政部门，对企业生产情况进行实地考察，重点考察企业生产情况、设施设备情况、研发情况、原辅料来源、工艺流程、生产规格、有机肥使用情况、销售情况。根据企业的生产经营情况进行考核验收，合格企业拨付补贴资金。
3、凡享受补贴企业要以优惠价格向本地农民或种植大户销售有机肥。
