有益微生物菌群与有机肥结合形成新型、安全的微生物-有肥肥料，称为生物有机肥，其菌种、生产工艺和应用技术等与微生物肥料、有机肥料特点不同，
一是用于生物有机肥生产的菌种必须具备对固体有机物发酵的性能，使有机废物腐熟、除臭和干燥，且可产生某些植物激素或具有固N、解P、解K或抑制植物根际病原菌的能力。而生产微生物肥料的菌种大都物发酵固体有机废物的能力，生产有机肥料的菌种则以自然菌为主，常含有传染病原菌、杂草种子等。
二是生物有机肥固体废物不需灭菌二直接用于发酵，经腐熟、脱水、除臭后粉碎过筛即成生物有机肥原料，具有设备简单、发酵处理时间短等优点。
三是生物有机肥大多以土施形式作基肥或追肥，施用量一般750～2500kg/h㎡,与微生物接种剂使用量15～30kg/h㎡相比施入土壤的有益微生物、有机物及微生物代谢产物高几十倍，与施有机肥料相比施生物有机肥可大幅减少投入肥料的劳工，便于大规模生产和使用。
生物有机肥的特点
一是富含有益微生物菌群，环境适应性强，易发挥出种群优势。生物有机肥中含有发酵菌和功能菌，具有营养功能强、根际促生效果好、肥效高等优点。
二是生物有机肥富含生理活性物质，生产生物有机肥需将有机物发酵，进行无害化、高效化处理，产生吲哚乙酸、赤霉素、多种维生素以及氨基酸、核酸、生长素、尿囊等生理活动物质。
三是生物有机肥富含有机、无机养分，生物有机肥原料以禽、畜粪便为主，富含有机、无机养分，N、P、K养分，各种中量元素（Ca、Mg、S等）和微量元素（Fe、Mn、Cu、Zn、B、Mo、Cl等）以及其他对作物生长有益的元素（Si、Co、Se、Na等），故具养分含量丰富且体积小、宜施用的优点。
四是生物有机肥经发酵处理后无致病菌、寄生虫和杂草种子，加入的微生物菌对生物和环境安全无害，且适合工业化生产和满足大规模农业生产需求。故生物有机肥兼具微生物肥料与有机肥料双重优点，具有明显改土培肥和增产、提高产品品质效果。
生物有机肥肥效机理
一是有益微生物菌的肥效显著，采用含菌生物有机肥与不含菌生物有机肥基质研究表明，含菌生物有机肥处理的菠菜、小白菜产量平均22.403t/h㎡和29.169t/h㎡,而不含菌生物有机肥基质处理的菠菜、小白菜产量平均为19.095t/h㎡和23.982t/h㎡，差异达5%显著水平，不同微生物菌处理的鸡粪肥效比较表明，采用高效有益微生物菌处理的鸡粪肥效明显高于自然菌处理的鸡粪肥效，有益微生物菌处理的青菜地下部分生长好，地上部分产量高，原因是生物有机肥中的有益微生物菌具有固N、解P、解K等营养功能和根际促生功能。
二是高效有机肥的肥效显著，与传统有机肥相比，高效有机肥处理的青菜商品菜鲜物质量增加21.54%，根鲜物质量增加13.00%，产量增加17.44%，均达5%显著水平，其原因主要与高效有机肥发酵产生生理活性物质且富含有机、无机养分有关。
三是微生物与有机肥的交互作用明显，生物有机肥具有微生物和有机肥的单独作用，还具有交互作用，还具有交互作用，国内外研究表明生物有机肥可改善土壤理化性质，促进肥料成分有效化，提高肥料利用效率，改善土壤微生物数量、区系和密度，增加有益微生物数量和组成，减少和抑制有害病原菌，提高土壤微生物缓冲能力，促进作物健康生长。
