(1) 秸杆处理 首先应将秸杆粉碎到一定的细度，然后还必须向其中添加适量的家禽粪尿或污泥等原料调整堆肥物料的碳氮比和水分，或者添加菌种和酶。
(2)发酵 分两个阶段：一是前发酵，可在露天或发酵装置内进行，通过翻堆式强制通风为堆积层或发酵装置内供给氧气，以秸杆为主体添加畜禽粪便，好氧堆肥的主发酵期约为3～10天。二是后发酵，经过主发酵的半成品送到后发酵工序，将主发酵工序尚未分解的易分解有机物和较难分解的有机物进一步分解，使之变成腐殖酸、氨基酸等稳定的有机物，得到完全腐熟的有机肥制品，后发酵时间通常在20～30天以上。
(3)后处理 可根据需要将其进一步干燥、粉碎，继而加工成作物专用有机—无机复混肥。
(4)贮藏 堆肥一般在春秋两季使用，在夏冬就必须积存，储存方式可直接堆存在发酵池中或袋装，要求干燥而透气。
适宜区域：该工艺可在我国秸杆资源丰富的粮食产区和环境容量有限的地区进行推广，尤其适合环境问题比较突出的城乡结合地区使用。
