我国微生物肥料研发与生产存在亟待解决的问题较多，其中最为重要的是与微生物肥料的质量相关的保活材料。微生物肥料中菌的数量保持、菌的存活时间的长短是微生物肥料重要的指标，保护剂、助剂是确保微生物肥料质量的关键，是国外微生物肥料生产中的保密性最强的核心技术。我国由于缺乏这类核心技术，生物肥料产品中的菌株生存时间短、活性差，适应环境能力和生存定殖能力较低、产品效果不稳定及成本高等问题，导致生物肥料的大量生产和大范围的应用受到限制。
我国生物肥料中的菌株存活时间较短，按照我国国家微生物肥料标准，固体菌剂中的有效活菌数在6~ 12个月保持2.0×l09cfu/g；液体菌剂中的有效活菌数3~6个月保持5.0 x l09 cfu/mL。远远低于国际现行技术能够达到的标准。液体生物肥料中，高效的微生物肥料保护剂、助剂、分散剂的研究在我国仍相当落后。我国保持生物肥料的生理活性的核心技术比国外落后约30年，亟待加强能保持生物肥料的旺盛活力的生物保活材料的研究与开发。
生物有机肥原料复杂，施用肥料后易产生二次污染
生物有机肥原料复杂，可能存在一定数量的重金属、农药、饲料添加剂、抗生素等有害物质。当其施入土壤后，这些有害物质也随之带入土壤和环境中，会对环境产生负面的影响。
生产工艺有待改善
由于生物有机肥必须经过发酵、分解、粉碎、造粒过程，还必须加入或保留适量的有益微生物，这就要求生物有机肥有较高的技术含量。目前，我国的生产技术还不能完全满意地解决上述一系列的问题。
展望
为了保证农业的可持续发展，加大生物有机肥料的开发、生产及应用成为一种必然的趋势。可以相信，生物有机肥料将逐渐成为肥料行业生产和农资消费的热点。生物有机肥的开发应用将会为绿色食品、有机食品产业化创造良好条件。同时通过有益微生物的处理加快有机废弃物等资源化利用，降低有机废弃物对环境等造成的污染。生物有机肥的发展将会由单功能向多功能方面发展，根据不同土壤和不同作物研制不同的配方，适合农业的发展。
